Desde que fundado, em 1909, o Paulista já experimentou de tudo. Na realidade ele substituiu o “Jundiay Foot Ball Club”, que existiu de 1903 a 1908. Em 1926 foi o segundo clube do interior a disputar a primeira divisão do Campeonato Paulista. Com a criação da Federação Paulista de Futebol, em 1948, o clube amargou 20 anos de segunda divisão.
Em 1968 foi campeão invicto e foi para a primeira. Nela ficou dez anos, até ser rebaixado em 1978. Voltou à primeira em 1984 e foi novamente rebaixado dois anos depois. Em 1990 foi feita parceria com a Lousano, empresa que ficou oito anos no Paulista. Em 1997, o time foi campeão da Copa São Paulo de Futebol Júnior.
Em 1998 o Paulista se acertou com a Parmalat e passou a se chamar Etti Jundiaí. No ano seguinte foi campeão da Copinha. Nesse período, o Paulista voltou à primeira divisão. Em 2004 foi vice-campeão paulista, e no ano seguinte, campeão da Copa do Brasil – no ano seguinte disputou a Libertadores, mas não passou da primeira fase. Nesse mesmo ano subiu para a primeira divisão do Campeonato Brasileiro.
No ano seguinte, foi rebaixado no Brasileiro. Voltou a disputar a Coa do Brasil em 2011. De lá para cá, despencou e chegou onde está.