Manter a flora jundiaiense conservando as espécies nativas é o foco principal do projeto Coleta de Sementes, desenvolvido pelo Jardim Botânico de Jundiaí. No acervo de plantas estão guardados 1.325 exemplares das diversas espécies que compõem os biomas da Mata Atlântica e do Cerrado existentes na cidade, inclusive algumas em ameaça de extinção.
O projeto teve início em 2012 com coletas mensais de sementes não só na Serra do Japi como em outros pontos do município, com fragmentos florestais preservados. Ao todo já foram germinadas sementes de 100 espécies diferentes presentes na cidade. Dessas, 22 estão em alguma categoria de ameaça de extinção.
Com as sementes coletadas é feito o plantio na casa de vegetação do Jardim Botânico. Cada planta tem seu tempo de germinação e de crescimento. Parte das mudas fica para a coleção permanente do Jardim e outra parcela é utilizada para arborização de áreas públicas.
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